S Jánom Zápoľským sa spája jedno z temných období dejín Uhorska. Narodil sa do bohatého magnátskeho rodu. Keď mal dvanásť rokov, zdedil po svojom otcovi rozsiahly majetok. Už v mladom veku ho časť uhorských stavov vnímala ako vhodného budúceho panovníka, preto ho v roku 1505 navrhla za kandidáta na uhorský trón. V roku 1526 pri Moháči uhorské vojská nielen prehrali vojnu s tureckým sultánom Sulejmanom, ale zomrel aj kráľ Ľudovít II. Uhorský trón tak zostal bez priameho následníka. Na kráľovskú korunu si nárokoval Zápoľský podľa uhorského práva založenom na voľbe, ale aj rakúsky arcivojvoda Ferdinand Habsburský, odvolávajúc sa na dedičské právo podľa svadobných zmlúv z roku 1515 a nárokov podľa bratislavských zmlúv z rokov 1464 a 1491. Vytvorili sa tak dva znepriatelené tábory a v Uhorsku vypukla občianska vojna trvajúca vyše ako jeden a pol decénia. Väčšina bojov sa odohrávala na dnešnom území Slovenska. Nejednotnosť krajiny využili Turci. Pridali sa na stranu Jána Zápoľského a toto spojenectvo využili na plienenie tej časti Uhorska, ktorá bola pod vplyvom Ferdinanda. Mier nastal až v roku 1538. Vojna však nemala žiadnych víťazov, iba porazených. Územie Uhorska sa rozdelilo na dve časti. V jednej vládol Ján Zápoľský a v druhej Ferdinand I. Habsburský.
